Vode koje se posle prečišćavanja ispuštaju iz sistema javne kanalizacije u recipijente su otpadne i prvenstveno vode poreklo iz javnih ustanova i domaćinstava ili su mešavina upotrebljene vode iz domaćinstava i tehničkih ili atmosferskih voda. Ova tema uređena je Uredbom o graničnim vrednostima emisija zagađujućih materija u vodi i rokovima za njihovo dostizanje. Javno komunalno preduzeće „Vodovod i kanalizacija“ trenutno ima 3 mala prečistača otpadnih voda, a kako u Vodovodu ističu, u planu je i izgradnja centralnog prečistača otpadnih voda čiji će kapacitet biti 400 hiljada ekvivalentnih stanovnika.
Odgovarajuće prečišćavanje otpadnih voda podrazumeva njihovu obradu određenim postupkom, kojim se postižu zahtevane granične vrednosti emisije, odnosno ne narušava dobar status površinske vode nakon ispuštanja u recipijent. Granične vrednosti emisije zavise od proizvodnog procesa, karateristika otpadne vode i tretmana, kao i od ekološkog i hemijskog potencijala recipijenta.
Tema centralnog prečistača otpadnih voda u Novom Sadu aktuelna je već par godina. Trenutno je u fazi izrade tehničke dokumentacije, a završen je generalni projekat koji je predat Pokrajinskoj revizionoj komisiji. U planu je da prečistač bude izgrađen do 2021.godine, pa ukoliko se steknu svi neophodni uslovi, Novi Sad će se uvrstiti u grupu evropskih gradova koji imaju izgrađen centralni prečistač otpadnih voda.