Teški metali, pepeo iz termoelektrana, nafta, otpaci iz klanica, direktno ispuštanje kanalizacije - glavni su izvori zagađenja reka u Srbiji. Dodajmo na to i neuređene deponije, poljoprivredu i saobraćaj. Naši najveći gradovi ispuštaju neprečišćene otpadne vode direktno u reke jer ne poseduju postrojenja za prečišćavanje otpadnih voda. Danas se u Srbiji prečišćava svega nekoliko procenata otpadnih voda.
Svi veći gradovi u Srbiji kanalizaciju direktno izlivaju u vodene tokove bez ikakvog prečišćavanja. Beograd svu otpadnu vodu kroz 20 izliva direktno ispušta u Dunav i Savu. Za rešavanje ovog problema potrebna su finansijska sredstva, koja po proceni stručnjaka, prelaze milijardu evra.

Oko 50 odsto zagađenja ispuštenog u reke dolazi od industrijskih postrojenja. U maju 2010. usvojen je Zakon o vodama kojim je predviđeno da visina naknade za zagađivanje voda bude takva da zagađivač ima veći interes da gradi postrojenje za prečišćavanje otpadnih voda, nego da plaća naknadu.
Do sada su uslovi za ispuštanje otpadnih voda utvrđivani na osnovu kvaliteta vodotokova u koji se one ispuštaju, dok će po novom propisu to biti rađeno u zavisnosti od tehnoloških procesa određene industrije, a zagađivač će plaćati kazne ukoliko prekorači granice dozvoljene emisije.

Poljoprivreda je jedan od značajnih korisnika vodnog resursa i znatno utiče na kvalitet površinskih i podzemnih voda. Ona predstavlja jedan od osnovnih izvora zagađenja voda. Taj proces je prvenstveno izazvan upotrebom đubriva i brojnih hemijskih sredstava u savremenoj poljoprivrednoj praksi.
S obzirom da u Srbiji u ovom trenutku ne postoji nijedan grad ili opština koji imaju u potpunosti regulisan problem tretmana otpadnih voda, rešavanja problema zahteva velike budžete i opsežne radove.
Kao pomoć u rešavanju ovog velikog problema, važno je napomenuti da će Fond za zaštitu životne sredine pomoći svakoj opštini i sufinansirati projekte izgradnje prečistača otpadnih voda, a opštine mogu konkurisati i kod pretpristupnih fondova Evropske unije iz kojih se i finansiraju takvi programi.

