Poljoprivreda je jedan od značajnih korisnika vodnog resursa, čija potrošnja zavisi od specifičnih faktora kao što su klima, područje ili vrsta zemljišta. Poljoprivreda znatno utiče na kvalitet voda, naročito imajući u vidu dejstvo pesticida i đubriva koji završavaju rastvoreni u tokovima reka i podzemnim vodama. Srbija je jedan od najvećih zagađivača reka azotom i fosforom.
Problemi u zaštiti životne sredine se javljaju usled neodgovarajućeg korišćenja hemijskih sredstava u poljoprivrednoj proizvodnji, koji se nestručno koriste od strane poljoprivrednika i time veće količine zagađujućih materija dospevaju u tlo, površinske i podzemne vode.
Korišćenje hemijskih sredstava jeste neophodno ali je potrebno koristiti ih u pravom momentu i u odgovarajućoj koncentraciji. Savremena tehnološka dostignuća, na tom putu, pomažu različitim rešenjima.
Kao jedan od problema koji u našoj zemlji nije rešen, navodi se i nezbrinjavanje ambalaže pesticida. Zakon je donet, u toku je izrada podzakonskih akata a postoji i praktičan put za rešavanje ovog opasnog otpada.
Kada su u pitanju mineralna hraniva, u Srbiji je sprovedena akcija analize zemljišta na osnovu koje stručne službe mogu da daju informacije poljoprivrednicima koju vrstu i količinu mineralnog đubriva je neophodno koristiti.
Veliko zagađenje vodnih tokova nutrijentima potiče sa stočnih farmi, kao i iz klanične
industrije. Stočarske farme veoma često odlažu stajnjak u prirodne depresije, zemljane bazene, lagune. Ova odlagališta nemaju zaštitni sloj, pa štetne materije lako prodiru u podzemne vode.
Tečni stajnjak se najčešće usmerava, bez ikakve obrade, u odvodne kanale, a zatim u reke. Takođe, visoko koncentrovani tečni stajnjak često se neplanirano iznosi na njive cisternama, gde lako prodire u podzemne slojeve, posebno u Vojvodini gde je visok nivo podzemnih voda i na taj način dovodi do ozbiljnih zagađenja.
Povećana koncentracija nutrijenata sa stočnih farmi u vodotokovima izaziva preteran razvoj algi. Alge ubrzano troše kiseonik, obrastaju vodenu površinu i sprečavaju prodiranje svetlosti. Javlja se eutrofikacija površinskih i podzemnih voda i prestaje normalno funkcionisanje vodenog ekosistema.
Da bi se sprečila ova situacija, tečni stajnjak se mora obraditi a može se iskoristiti kao izuzetan energetski izvor. On se u sve većem obimu koristi u bio-gas postrojenjima a energija dobijena iz tečnog stajnjaka ne emituje štetne gasove koji se stvaraju pri sagorevanju klasičnih fosilnih goriva. Na taj način se doprinosi većoj zaštiti životne sredine.
Izuzetno mali broj farmi ima postrojenja za prečišćavanje otpadnih voda ili opremu za proizvodnju biogasa. Novčane kazne za ispuštanje otpadnih voda iznad dozvoljenih granica su veoma niske u odnosu na troškove održavanja postrojenja, a kazne za nepoštovanje propisa se ne primenjuju.
Neophodno je pomoći poljoprivrednicima da uspostave planove za upravljanje azotom i fosforom kao i sprovesti upoznavanje sa uticajima zagađujućih materija radi boljeg razumevanja načina za smanjenje uticanja nutrijenata i pesticida. Neophodno je sprovesti implementaciju „kodeksa dobre poljoprivredne prakse“, sve u ciju sprečavanja daljeg zagađivanja podzemnih i površinskih voda i uopšte, naših vodnih resursa.