Da bi Grad Novi Sad normalno funkcionisao, od velike važnosti je i pravilno održavanje kanalizacione mreže. Upravo ovaj zadatak poveren je JKP „Vodovod i kanalizacija“, odnosno Službi funkcionalnog održavanja kanalizacione mreže.
U ovom preduzeću ističu da do zagušenja u kanalizaciji najčešće dolazi zbog ljudskog nemara. Nije redak slučaj da građani u kanalizaciju odlažu krupan otpad iako iz ovog preduzeća redovno apeluju na svoje sugrađane. Jedan od većih problema jeste i priključivanje oluka na kanalizacionu mrežu.
Kanalizacioni sistem u Novom Sadu projektovan je na isti način kao i u drugim evropskim gradovima. Ekipe JKP „Vodovod i kanalizacija“ ulažu velike napore prilikom održavanja kanalizacione mreže i marljivo rade na izgradnji kanalizacije u onim prigradskim naseljima u kojima još uvek postoje septičke jame.